基于整體觀(guān)的中藥復(fù)方現(xiàn)代研究目前面臨二大瓶頸問(wèn)題：一是“方－證－病”割裂的研究體系違背了中醫(yī)藥“整體觀(guān)”；二是“基因－蛋白質(zhì)－代謝物分離” 的研究模式缺乏“系統(tǒng)性”。
       基于整體觀(guān)的中藥復(fù)方現(xiàn)代研究目前面臨二大瓶頸問(wèn)題：一是“方－證－病”割裂的研究體系違背了中醫(yī)藥“整體觀(guān)”；二是“基因－蛋白質(zhì)－代謝物分離” 的研究模式缺乏“系統(tǒng)性”。包括單一的組學(xué)研究、不同組學(xué)數(shù)據(jù)沒(méi)有較好地整合和關(guān)聯(lián)，缺乏系統(tǒng)性和整體性，容易出現(xiàn)“碎片化”傾向；網(wǎng)絡(luò)藥理學(xué)把單一小分子藥物看作擾動(dòng)因素，注重“基因－蛋白質(zhì)－代謝物”網(wǎng)絡(luò)的整體刻畫(huà)（“點(diǎn)－系統(tǒng)”模式），不完全適用中藥復(fù)方（藥物系統(tǒng)）的研究。因此，建立“系統(tǒng)（藥物系統(tǒng)）－系統(tǒng)（生物系統(tǒng)）”研究模式是整體觀(guān)指導(dǎo)下的中藥復(fù)方研究新途徑，具有極其重要的科學(xué)意義和廣闊的應(yīng)用前景。
       同時(shí)，要重視中西評(píng)價(jià)體系的結(jié)合。包括兩個(gè)方面：
       第一，方劑療效的評(píng)價(jià)要以中醫(yī)理論為指導(dǎo)，加強(qiáng)中醫(yī)證候評(píng)價(jià)的可量化、客觀(guān)化、數(shù)字化研究，將中醫(yī)證候評(píng)價(jià)指標(biāo)、西醫(yī)常規(guī)評(píng)價(jià)指標(biāo)以及系統(tǒng)生物學(xué)等新的評(píng)價(jià)指標(biāo)整合成為綜合的評(píng)價(jià)體系。
       第二，臨床系統(tǒng)生物目標(biāo)是建立整合生物標(biāo)志物系統(tǒng)，應(yīng)用于疾病早期預(yù)警、臨床診治以及藥物評(píng)價(jià)等，整合生物標(biāo)志物系統(tǒng)包括中醫(yī)證候生物標(biāo)志物群及系統(tǒng)生物學(xué)標(biāo)志物群多個(gè)層面，系統(tǒng)生物學(xué)研究又可以包含基因、蛋白質(zhì)等多個(gè)層次的標(biāo)志物群。