中醫(yī)理論是古代自然哲學(xué)形式的醫(yī)學(xué)理論。它既非純古代哲學(xué)理論，也非純古代自然科學(xué)理論，而是古代哲學(xué)與古代自然科（醫(yī)）學(xué)混而不分的一種模糊狀態(tài)的理論，筆者簡稱為“自然哲學(xué)醫(yī)學(xué)”理論。
       中醫(yī)理論是古代自然哲學(xué)形式的醫(yī)學(xué)理論。它既非純古代哲學(xué)理論，也非純古代自然科學(xué)理論，而是古代哲學(xué)與古代自然科（醫(yī)）學(xué)混而不分的一種模糊狀態(tài)的理論，筆者簡稱為“自然哲學(xué)醫(yī)學(xué)”理論。由于中醫(yī)理論未達(dá)純古代自然科學(xué)理論階段，故筆者將其定位為“古代自然科學(xué)理論的初級(jí)階段”。
       自然哲學(xué)式的中醫(yī)理論，是我國古代科學(xué)技術(shù)尚不發(fā)達(dá)時(shí)期的特殊產(chǎn)物。其原因在于，古代醫(yī)家無法直接觀察人體內(nèi)部結(jié)構(gòu)與功能之間的相互關(guān)系，只能采用觀察他人和自我體察的方法從整體層面上了解人體生命活動(dòng)從生理到病理、再從病理到生理變化過程的“外在現(xiàn)象”，然后通過“司外揣內(nèi)”方法，透過現(xiàn)象看本質(zhì)，來推測(cè)人體生命活動(dòng)的整體功能規(guī)律。也就是說，古人對(duì)人體生命整體功能活動(dòng)規(guī)律的把握和認(rèn)識(shí)，是在長期的醫(yī)療實(shí)踐觀察中發(fā)現(xiàn)和逐步形成的。
       正因?yàn)橹嗅t(yī)理論是有缺陷的“自然哲學(xué)式”的“模糊象理論”，所以，它的五臟子系統(tǒng)功能不可能直接與現(xiàn)代醫(yī)學(xué)的五個(gè)內(nèi)臟直接對(duì)接。只有將中醫(yī)學(xué)概念從自然哲學(xué)層面剝離出來，建立起純古代自然科學(xué)層面的中醫(yī)理論這一橋梁，才能與現(xiàn)代醫(yī)學(xué)理論對(duì)號(hào)入座。
       　　中醫(yī)學(xué)概念中也存在著諸多矛盾
       李致重稱，中西醫(yī)理論都是成熟的理論，事實(shí)并非如此。實(shí)際上，兩種理論都不成熟，都有很多的缺陷。許多疑難病癥至今都沒有很好的解決辦法，就足以證明兩種醫(yī)學(xué)對(duì)于疾病的認(rèn)識(shí)都還遠(yuǎn)遠(yuǎn)不到位。特別是中醫(yī)理論自身還存在著諸多矛盾，如：僅命門學(xué)說就有多種說法，有腦命門和腎命門，而腎命門又有“右腎”、“兩腎之間”、“腎間動(dòng)氣”等說法，至今無法統(tǒng)一。又如元?dú)鈱W(xué)說，至今對(duì)于原氣、元?dú)狻⒄鏆狻⒛I間動(dòng)氣、腎氣等概念混而不分。因而，中醫(yī)理論急需梳理、統(tǒng)一、提高和完善，這個(gè)過程就是中醫(yī)理論的創(chuàng)新過程。
       　　運(yùn)用理論研究方法破解中醫(yī)本質(zhì)
       從研究的理論性和經(jīng)驗(yàn)（實(shí)踐、實(shí)驗(yàn)）性區(qū)分，科學(xué)研究可分為理論和經(jīng)驗(yàn)研究。醫(yī)學(xué)中的經(jīng)驗(yàn)性研究主要包括實(shí)驗(yàn)研究和臨床研究。過去的半個(gè)多世紀(jì)里，我國主要采用實(shí)驗(yàn)方法研究中醫(yī)理論，在某些局部問題的研究上取得一些進(jìn)展，但在科學(xué)詮釋中醫(yī)理論本質(zhì)的高難問題上并未獲得實(shí)質(zhì)性突破。“中西醫(yī)不可通約論”就是在這種背景之下產(chǎn)生的。
       筆者認(rèn)為，對(duì)于中醫(yī)理論這樣復(fù)雜的體系來說，僅靠單純的實(shí)驗(yàn)方法很難取得實(shí)質(zhì)性突破。最佳方法就是采取理論研究方法為主導(dǎo)，進(jìn)而有的放矢地指導(dǎo)實(shí)驗(yàn)研究，反過來再對(duì)理論研究成果進(jìn)行驗(yàn)正。只有這樣做，才能逐步破解和詮釋中醫(yī)理論的科學(xué)本質(zhì)。
       　　中醫(yī)“證”與西醫(yī)“病”的內(nèi)在聯(lián)系
       “中西醫(yī)不可通約論”將中西醫(yī)看成是兩種孤立的、互不聯(lián)系的醫(yī)學(xué)體系，實(shí)際上是因?yàn)闆]有認(rèn)識(shí)到中醫(yī)的“證”與西醫(yī)的“病”之間存在著內(nèi)在聯(lián)系，實(shí)際上，“病”和“證”原本就是疾病的兩種表現(xiàn)。筆者認(rèn)為，疾病同時(shí)具有全身性功能紊亂和局部病灶兩種相關(guān)的病理變化，其中前者是病理生理學(xué)改變，屬于中醫(yī)的“證”，后者是病理學(xué)改變，屬于西醫(yī)的“病”。由此可知，兩種醫(yī)學(xué)體系之間存在著十分密切的內(nèi)在聯(lián)系。
       “中西醫(yī)不可通約論”人為地把中醫(yī)與西醫(yī)隔離開來，認(rèn)為現(xiàn)代科學(xué)詮釋中醫(yī)理論不可能，旨在阻斷中醫(yī)學(xué)與現(xiàn)代科學(xué)理論接軌，使中醫(yī)理論無法從現(xiàn)代醫(yī)學(xué)微觀理論中吸收營養(yǎng)和創(chuàng)新。與此同時(shí)，否定了中西醫(yī)理論層面的結(jié)合，并將中西醫(yī)結(jié)合降格為低層次的中西醫(yī)配合。這種觀點(diǎn)是錯(cuò)誤的，不利于我國中醫(yī)藥事業(yè)的發(fā)展。