程莘農在中醫(yī)針灸臨床時，強調要在中醫(yī)經(jīng)絡理論等基礎理論指導下進行辨證、立法、處方、選穴，強調理論結合實際，以事實為依據(jù)，對中醫(yī)針灸、經(jīng)絡腧穴進行研究，不搞玄學。
       不搞玄學，以事實說話
       程莘農在中醫(yī)針灸臨床時，強調要在中醫(yī)經(jīng)絡理論等基礎理論指導下進行辨證、立法、處方、選穴，強調理論結合實際，以事實為依據(jù)，對中醫(yī)針灸、經(jīng)絡腧穴進行研究，不搞玄學。
       在中醫(yī)基礎理論文獻研究方面，“繼承不泥古，創(chuàng)新不離宗”、“去偽弘真”是程莘農文獻研究的一個鮮明出發(fā)點。比如，他在研究《內經(jīng)》時，重點對《內經(jīng)》運用針灸治病的情況，用統(tǒng)計學的方法進行了分析。結果顯示：
       《內經(jīng)》中有針灸處方412個，這就證明了徐靈胎所說的：“‘靈素’兩經(jīng)為針法研者，十之七八，為方藥研者，十之二三。”確實不謬。而在對《內經(jīng)》中的這400多個針灸方子進行分析之后，發(fā)現(xiàn)以循經(jīng)取穴的為數(shù)最多，其次是以痛為俞的處方、專病專方和對證專方，其余均不足10個。在循經(jīng)取穴的處方中，由于經(jīng)脈的循行、功能，經(jīng)脈與相應臟腑的連屬，以及經(jīng)脈之間的陰陽表里等關系，故又有各種不同的取穴配伍形式。在循經(jīng)取穴的處方中以取單經(jīng)的為數(shù)最多，在取單經(jīng)的處方中又以取本經(jīng)的多。在取多經(jīng)的處方中，以除表里經(jīng)和同名經(jīng)而外的兩經(jīng)或兩經(jīng)以上同用的為數(shù)最多。
       再對《內經(jīng)》所收的針灸處方進行進一步的研究，根據(jù)取穴配伍方法不同可分為兩類，其中循經(jīng)取穴的處方又有不同的取穴配伍形式，可見《內經(jīng)》的針灸處方是靈活多變的。
       在文獻研究方面如是，在中醫(yī)經(jīng)絡學研究方面，程莘農更是注重客觀事實，以事實來證明經(jīng)絡的存在和經(jīng)絡的循行路線、腧穴的定位和主治作用。
       早在上世紀60年代，程莘農即開始對經(jīng)絡展開研究，在對中醫(yī)經(jīng)典文獻研究的基礎上，開展臨床經(jīng)絡敏感現(xiàn)象的研究。他在解放軍262醫(yī)院的協(xié)作下，完成的 “體表循行81例研究”是我國早期經(jīng)絡研究的佳作之一。將測驗的64例經(jīng)絡感傳路線和《內經(jīng)·經(jīng)脈》篇對照，其循行路線基本和《內經(jīng)》一致，專家將其研究報告論證后，得出了經(jīng)絡是客觀存在的結論。
       上世紀70年代，他開始主持循經(jīng)感傳的研究工作，證明了循經(jīng)感傳的體表循行路線與古典醫(yī)籍記載基本一致，為經(jīng)絡的存在首次提供了結果明確的客觀證明，引起國際學術界的極大震動，并為現(xiàn)代生物學理論提出了新的課題。上世紀80年代起，程莘農主持了由衛(wèi)生部牽頭的、全國幾十所院校和單位參加的“循經(jīng)感傳和可見的經(jīng)絡現(xiàn)象”的研究。從人群普查、各種生物學指標研究以及現(xiàn)代物理學（如聲、光、電、熱、磁、核等）研究等方面進一步證明了經(jīng)絡的客觀存在。
       “八五”期間，經(jīng)絡研究又被國家科委列為國家重大基礎科研攀登計劃，程莘農被國家科委聘為首席科學家主持該項研究。
       在腧穴研究方面，他積極參加世界衛(wèi)生組織國際標準“針灸穴名”研究工作，對腧穴的名稱、意義、部位無不一一考核。程莘農根據(jù)其研究成果與著名針灸學家楊甲三教授合作撰寫出《經(jīng)絡、腧穴研究》、《十四經(jīng)穴點穴法》，后者被拍攝成電影，于1985年由科技電影廠攝制發(fā)行，并獲衛(wèi)生部科技二等獎。
       弘揚針灸，讓針灸走向世界
       20世紀90年代針灸在國際上影響力迅速提升，也是程莘農在國際舞臺最活躍的10年。許多國外機構都聘請他。凡是對針灸發(fā)展有利的事，程莘農都盡力去做，心中只有一個信念——走出去，傳揚針灸。
       他奔走于國內外，或是講學，或是考察，或是開會，或是應特別邀請出診，他的足跡遍布美國、法國、英國、意大利、德國、日本、菲律賓等數(shù)十個國家。所到之處，便是他傳揚針灸的舞臺。
       程莘農積極倡導和參與世界衛(wèi)生組織的《針灸腧穴與部位》規(guī)范化工作，對腧穴的名稱、意義、部位等一一考據(jù)，對循行次序穴名的排列以及部位的確定等，在不同的國際研討會陳述己見，主張創(chuàng)新，反對異化。據(jù)程莘農回憶，有一次在日內瓦，有30多個國家的學者參與的一次會議中，爭論激烈，程莘農對一個代表小視中國的言論給予了有力回擊，最后贏得了多數(shù)代表的贊同。
       大醫(yī)精誠
       改革開放之后，程莘農的臨床工作更加繁重。每天6點就開始給病人看病，往往等到8點鐘別的大夫正式上班的時間，他已經(jīng)完成了幾撥病人的治療。那時候，他每個上午的門診量就能達80多人次。程莘農在數(shù)十年的從醫(yī)生涯中，診治患者數(shù)十萬人次，累積的病例單張摞起來與身高相齊。
       程莘農以“大醫(yī)精誠”為座右銘，畢生重視醫(yī)德修養(yǎng)，認為“天下萬事，莫不成于才，莫不統(tǒng)于德，無才故不得以成德，無德以統(tǒng)才，則才為跋扈之才，實足以敗，斷無可成。”他對病人態(tài)度和藹，診療細心，一針一灸均親自操作，全神貫注，心無旁騖，常能力起沉疴。
       程莘農將自己寶貴的針灸學術經(jīng)驗，通過師徒傳承、家族傳承、院校傳承、工作傳承、培訓班傳承和國家指定學術傳承等方式，毫不保留地傳授給了數(shù)以千計的學生弟子們。以程莘農為代表的程氏針灸，在2010年成功入選北京市第三批非物質文化遺產(chǎn)保護項目。
       程氏三才法，是程氏針灸的技術基礎，在此基礎上，程氏針灸的傳人根據(jù)自己的個人興趣不同，在程莘農指導下，分別在不同領域，使程氏針灸的診療技術得到了拓展，充實了程氏針灸的學術內涵，形成了“程氏消渴三調法”、“程氏養(yǎng)血潤明法”、“程氏四關調神法”、“程氏四步調經(jīng)法”、“程氏強體增視法”、“程氏五技祛痛法”等程氏特色診療手段和技術。
       程莘農取得的成就，取得了業(yè)界同仁和政府部門的充分肯定，1994年程莘農成為中國針灸界的首位工程院院士，1998年被聘為中央文史館館員，2009年獲得首批“國醫(yī)大師”稱號，2010年“中醫(yī)針灸”成功申請世界非遺項目，程莘農是四個代表性傳承人之一。