此期對(duì)《難經(jīng)》的研究，方式大抵是將《內(nèi)經(jīng)》《難經(jīng)》有關(guān)內(nèi)容相互對(duì)照，并以《內(nèi)經(jīng)》理論闡述《難經(jīng)》義理與淵源。 清初莫所《難經(jīng)直解》(1669)2卷，為《莫氏錦囊十二沖》之一種。莫氏注釋《難經(jīng)》以滑壽《難經(jīng)本義》的理論為主，參考其余注家學(xué)說(shuō)，并結(jié)合個(gè)人見(jiàn)解予以發(fā)揮，具有一定參考價(jià)值。徐大椿所著《難經(jīng)經(jīng)釋》(1727)2卷，以《內(nèi)經(jīng)》理論為本，闡發(fā)《難經(jīng)》義理及其學(xué)術(shù)淵源，其中述源析變、考訂辨論、詮釋發(fā)揮，頗具參考價(jià)值。黃元御所著《難經(jīng)懸解》(1756)2卷，主要結(jié)合個(gè)人學(xué)識(shí)及閱讀《難經(jīng)》心得，對(duì)81難予以逐段注解，注文多較簡(jiǎn)要。 日本學(xué)者丹波元胤亦于19世紀(jì)初葉撰有《難經(jīng)疏證》2卷，該書首列其父丹波元簡(jiǎn)《難經(jīng)解題》1篇，元胤征引各家學(xué)說(shuō)結(jié)合個(gè)人見(jiàn)解補(bǔ)其剩義。