隨著藥物學的進展，明代方劑學也有巨大進展。一方面，大量方劑書，尤其是巨型方劑著作的出版，另一方面，對理、法、方、藥的研究也更為重視。 (一)醫(yī)方巨著《普濟方》 《普濟方》是我國現(xiàn)存最大的一部方書，也是明代最大的方書。它搜羅極廣，篇幅很大，幾乎收錄了十五世紀以前所有保存下來的方書內(nèi)容，并兼及傳聞、小說、道藏、佛書內(nèi)的相關內(nèi)容，還收入大量的時方，可謂集十五世紀以前方書之大成?！?a>普濟方》是由朱元璋第五子周定王朱棣組織編輯，由教授騰碩、長史劉醇等參與編輯考訂而成，刊于永樂四年(1406)，原作108卷，《四庫全書》改為426卷。共分為2175類，718法，收入61739方，239幅圖，總論包括方脈總論、藥性總論、五運六氣、臟腑總論等。各論包括臟腑各論，按人身頭面、體表、五官、口齒和內(nèi)部器官。分述病候；傷寒雜病，包括急、慢性傳染病與內(nèi)科疾病，以后為外科，骨傷科，婦產(chǎn)科，兒科，針灸等。每種疾病有論有方，治療方法多樣，包括湯藥、罨敷、針灸、按摩等。它的主要貢獻是保存了古代大量醫(yī)學文獻，價值已超出方劑學范圍。李時珍編修《本草綱目》時，雖說瀏覽參考文獻800多種，實際上當時已有不少文獻失傳或成為罕見的孤本，李時珍并未能一一親閱，其中不少是通過《普濟方》間接讀到的。 (二)推求古義的《醫(yī)方考》 吳昆的《醫(yī)方考》，撰于萬歷年間。作者15歲學醫(yī)，行醫(yī)后深感業(yè)醫(yī)者知識貧乏，必須對醫(yī)者的素質(zhì)進行提高。他從歷代方書中選出常用方劑700余首，編成本書，共6卷。按病癥分為中風、傷寒、感冒、暑濕等72門，每門下列一證，先論病因，次列諸家治療方法，再匯集名方。《醫(yī)方考》雖匯集群方，卻不追求方劑數(shù)量，而是嚴守質(zhì)量，“揆之于經(jīng)，酌以心見，訂之于證，發(fā)其微義”，重在闡發(fā)分析。如中風門，首述中風名義、病因及各家認識，“風者，百病之長，得行天之象，故其發(fā)也暴。然上世論風，主于外感，乃河間主火，東垣主氣，丹溪主濕，而末世之論紛紛然。今考名方23首，為風、為火、為氣、為濕，皆時出而主之，初不泥于一說也”。論下先列烏梅撩牙關方、稀涎散、通頂散、蘇合香丸、許胤宗黃芪防風湯熏蒸法等治標之方；次列治半身不遂、語言蹇澀、口眼歪斜等后遺癥之方，有主風的牽正散、省風湯、小續(xù)命湯、防風通圣散；史國公藥酒方，主火的瀉青丸。主氣的四君子湯加竹瀝姜汁方、八味順氣丸，主痰濕的二陳湯、星香湯等。每方下列適應癥及詳細的方義分析——條理清晰，因證致用，說理是很透徹的。本書出版后影響廣泛，清代汪昂的《醫(yī)方集解》、吳儀洛的《成方切用》等都宗《醫(yī)方考》所開之學風，《醫(yī)方考》出版后，連續(xù)刊刻近十次，在醫(yī)學界起了積極作用。 (三)張景岳對方劑學的貢獻 《景岳全書》中的“八略”和“八陣”實為講述方劑學的內(nèi)容。他把治病立法比作戰(zhàn)略戰(zhàn)術。故稱治則治法為“八略”；把立方選藥比作布兵排陣，將方藥主治的論述稱“八陣”。八陣又分為古方八陣與新法八陣。他根據(jù)個人豐富的臨床經(jīng)驗發(fā)議論，有不少創(chuàng)見。八略亦稱新法八略，即補、和、攻、散、寒、熱、固、因諸略。根據(jù)八略而列八陣，古方八陣選歷代名方1516首，另有婦產(chǎn)、小兒、痘疹、外科等古方922首。新方八陣系張氏自創(chuàng)方利，共186首。新方八陣諸方多切臨床實用，有不少至今仍為常用名方，如左、右歸丸，左、右歸飲，金水六君煎，玉女煎，理陰煎等。補略和新方八陣的補陣最能反映作者的學術思想，張景岳是溫補派的代表人物，特別重視人體本元，謂為“人之大寶”，他從陰陽互根角度體察真陰真陽，認為“陰不可無陽，非氣無以生形也，陽不可無陰，非形無以載氣也”。以氣血、形體性用的相互依存和消長關系來闡述生死之機，強調(diào)溫補元陽，滋養(yǎng)真陰，使陰陽歸于平衡，實現(xiàn)水火既濟。強調(diào)古人之方，是示人以法，并非限人以藥。對待成方，又要圓活。張氏對方劑的認識盡管也有不足，但仍是明代方劑學中一枝奇葩，后世雖有非議，也多偏執(zhí)管見，其成就卻是不可抹殺的。 (四)追源溯沉的《祖劑》 施沛輯明代以前著名方劑800余首，成《祖劑》一書，共4卷，收主方70首。該書以《素問》、《靈樞》及伊尹湯液之方為宗，以張仲景《傷寒論》、《金匱要略》之方為祖。選《和劑局方》及宋、元、明諸家流傳方以歸類敘述。追本溯流，把相類方劑歸于一起論述如以《素問》之澤術麇銜湯為主方，其下述張仲景的澤瀉湯、豬苓散、茯苓戎鹽湯、五苓散、茵陳五苓散、豬苓湯、茯苓澤瀉湯，后世的四苓散、加味五苓散、山梔五谷散、胃苓湯等，將17首方劑集中介紹，有些地方作者還加了按語“和得者也”，主方除選自《內(nèi)經(jīng)》、《傷寒》、《金匱》外，還有的選自伊尹《湯液經(jīng)》、《和劑局方》、《肘后方》、《廣濟方》、《千金》、《得效方》、《集驗方》、《濟生方》及李東垣、張潔古、朱丹溪等人的醫(yī)方，對學習古代方劑學有一定參考價值。